En plongée
La plongée sous-marine permet une observation directe des fonds, des comptages d'individus sur des quadrats, radiales, etc.). Cette méthode est précise et efficace mais ne peut-être que ponctuelle. Les plongeurs utilisent couramment des fiches de relevé immergeables où ils consignent leurs observations sur la faune, la flore, la morphologie des fonds, les faciès. La photographie est également un bon support pour l'identification des organismes et la vidéo permet de préciser leur distribution.